Transparentność PEJ jest zdecydowanie niewystarczająca jak na projekt wartości 100+ mld PLN finansowany ze środków publicznych. Porównując z Francją (EdF) czy Finlandią (TVO) – w Polsce brakuje regularnych briefingów dla mediów, dostępnych prezentacji technicznych, angażowania ekspertów niezależnych. To budzi podejrzenia i karmi teorie spiskowe. Rząd powinien ustanowić niezależną radę nadzorczą projektu z przedstawicielami społeczeństwa obywatelskiego.